El río Tambopata nace por encima de los 3.900 m, en los cerros nevados que dominan el altiplano peruano-boliviano aproximadamente en las coordenadas (14°28′44″S 69°1′23″O / -14.47889, -69.02306) en el departamento de La Paz, recorre 66 kilómetros por territorio boliviano hasta las coordenadas (13°53′08″S 68°58′38″O / -13.88556, -68.97722) donde pasa a formar frontera con Perú en un tramo de 58 kilómetros hasta la afluencia del río Colorado (Bolivia) donde se adentra en territorio peruano. En su descenso inicial hacia la llanura de la Amazonía forma rápidos y cascadas al discurrir por profundos valles y cañones.


La cercanía a la cordillera andina, la soledad debido a la ausencia de poblaciones cercanas y habitantes permanentes, contribuyen a que exista una gran biodiversidad, de las mayores existentes en el planeta.
| » | Las grandes Collpas de guacamayos y mamíferos de Chuncho |
| » | La Gran Collpa Colorado |
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| » | Candamo |
| » | La sección de Canotaje San Juan del Oro - Río Távara |

Llegar a “Boca Malinowski” toma aproximadamente 5 horas en bote rápido desde Puerto Maldonado, también se puede acceder a este punto saliendo en carro 4 x 4 desde Puerto Maldonado por un camino de tierra de 62 km. En este caso las condiciones de los últimos 15 km de camino son muy malas cuando llueve, impidiendo el ingreso de vehículos.
Es el tramo del Río Tambopata comprendido desde la confluencia con el río Malinowsqui hasta sus nacientes. Son muchas las diferencias con el bajo Tambopata; la principal, ésta influenciada por su cercanía a los Andes orientales que hacen que el flujo del agua sea más torrentoso y cristalino respecto al curso inferior. También es más rico en especies de flora y fauna porque se mezclan varios ecosistemas en un corto trecho. La ausencia de humanos, incluso de nativos; permite encontrar selvas intactas con abundante fauna mansa, sin miedo al hombre. Aún hay pocos estudios científicos sobre la biodiversidad a lo largo de todo el recorrido del río, sin embargo se conocen tres lugares de mayor concentración de fauna ubicados en Candamo, La Collpa de Colorado, y la Collpa de Chuncho. Ésta característica ofrece grandes posibilidades de encuentros con animales facilitando su observación. La práctica del canotaje en el curso superior del Río Tambopata es una de las más reconocidas por su belleza y grado de dificultad encontrándose rápidos de clase 3 y 4, sólo es posible en los meses de Junio a Octubre.El canotaje en el tramo final del río alto Tambopata y sus afluentes es posible durante todo el año permitiendo un contacto más íntimo con la naturaleza. En el río alto Tambopata se encuentran las mayores concentraciones de guacamayos de toda la amazonía, esto por la presencia de las Collpas de Chuncho y colorado donde se congregan cada mañana a comer las sales minerales expuestas en los barrancos a orillas del río.

Se ubica entre el Río Malinowski y su desembocadura con el Madre de Dios, el río en este sector presenta un gran desarrollo de meandros, que favorece la formación de lagos y pantanos ricos en vida en ambas márgenes. Los principales lagos son:
| » | Lago tres Chimbadas |
| » | Lago Cocococha |
| » | Lago Sachavacayoc |
| » | Lago Condenado |






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