Llamado originalmente Titu Cusí Huallpa, al acceder al trono inca tomó el nombre de Huayna Capac. Su acceso al trono fue difícil dado a las intrigas de la concubina de su padre Chuqui Ocllo, quien había envenenado al Inca para permitir que su hijo Capac Huari fuera entronizado inca.
Con el apoyo de cierto sector de la nobleza Chuqui Ocllo propició una insureccion que fue debelada por el general Otorongo Achachi, militar de gran prestigio y experiencia, quien liquidó a los cabecillas, empezando por Chuqui Ocllo. Sin embargo siendo aún muy joven para asumir el gobierno, Titu Cusi Huallpa se le tuvo que nombrar un incap raptin (regente). La nobleza designó a Apo Huallpaya, tío del joven heredero al trono, quien seducido por la ambición y el poder también empezó a urdir planes para favorecer a un hijo suyo, en colaboración con el clero solar. Dicho complot fue descubierto por Huamán Achachi, quien, dispuso la captura y muerte de los comprometidos.
Durante su periodo gubernativo el imperio gozó de paz-Realizó constantes viajes a lo largo de sus dominios y nombró funcionarios para realizar la administración de todo tipo de actividades. Correinó con su hijo Topa Cusi Huallpa (Huáscar), nejándolo a cargo del gobierno del Cuzco, emprendió una expedición al Chinchaysuyo. Durante su reinado el imperio alcanzó su máxima expansión y esplendor, llegando hasta el río Ancasmayo. En una de sus incursiones a la costa Huayna Capac se contagió de una extraña enfermedad que estaba haciendo estragos en la población del norte del imperio, falleciendo en su palacio de Tumipampa. Su muerte creó una crisis sucesoria, puesto que Huayna Capac había designado como sucesor a su hijo mayor Ninacuyuchi, quién había muerto poco antes de la muerte del inca, de tal manera que el cargo sería disputado en una guerra civil entre sus hijos Huáscar y Atahualpa.
