Desde la fortaleza de Choquequirao, en la zona de Vilcabamba, los Incas de la dinastía Manco resistieron por 36 años (1536-1572) a los conquistadores españoles, quienes nunca lograron expulsarlos de ella.
La construcción de Choquequirao es obra de los sucesores del Inca Pachacutec, Tupac Inca Yupanqui (1 471-1 493) o Wayna Capac (1 493-1 527). En el lugar se utilizaba cerámica doméstica y ceremonial del estilo clásico cuzqueño, y también de otros propios de la población que se trasladó para construir y poblar el sitio de manera permanente, probablemente agricultores experimentados en construir y explotar andenes agrícolas.
Ubicado a 3050 msnm, en el límite con el departamento de Apurímac, el conjunto arqueológico de Choquequirao no fue construido como lugar de pa.
Llegar a él demanda dos días de disciplinada marcha, largamente compensada por la belleza del paisaje que acompaña al caminante desde el comienzo del recorrido.
El trayecto se inicia en Cachora (2800 msnm), un pequeño pueblo del departamento de Apurímac al cual se llega, habiendo partido de Cuzco, después de cuatro horas de buena carretera (145 km asfaltados y 10 km afirmados). Es allí donde se contacta con los arrieros de mulas, quienes además hacen las veces de guías. Una familia local ofrece hospedaje y el único teléfono de la localidad. Aproximadamente el 40% del centro ceremonial inca de Choquequirao está libre de vegetación. El área restante está formada por un complejo sistema de andenes construidos en laderas sumamente empinadas. Hace poco ha sido ubicada una impresionante escalera de 180 andenes que, descendiendo desde uno de los flancos del centro ceremonial, llega hasta el río, en el que es posible nadar.
Choquequirao fue posiblemente uno de los puntos de control de ingreso a la región de Vilcabamba, y, como tal, un núcleo administrativo con funciones políticas, sociales y económicas. En su concepción urbana siguió los patrones simbólicos de la capital imperial con los lugares de culto dedicados al Sol, a los ancestros, a la tierra, el agua y otras divinidades; residencias reales, casas de administradores y artesanos; depósitos, grandes edificios para dormitorios o kallancas y andenes agrícolas del Inca y del pueblo.
El área ceremonial se extiende a lo largo de 700 metros, percibiéndose una diferencia de nivel de hasta 65 metros entre la plaza principal y las partes mas elevadas.
